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  引力葡萄GRAPE         
引力葡萄GRAPE
[ 作者:佚名    转贴自:http://bzhang.lamost.org/website/archives/grape/    点击数:86    更新时间:2010/1/24    文章录入:admin ]
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计算机设备一般分为两类。一是通用机,人们日常所见的绝大多数计算机都属于此类,而本文要介绍的GRAPE则是作为专用机设计的:其用途仅限于牛顿引力(或形式类似的作用力)计算,多用于天体物理研究。不过千万不要因为GRAPE的目的单一而小瞧它:它一度是世界上速度最快的计算机,并多次荣获为高性能计算机设置的Gordon Bell奖。

GRAPE-5获1999年Gordon Bell奖的证书(图片提供:东京大学牧野淳一郎)

GRAPE的开发方——东京大学作过一个很恰当的类比:正如图形加速器可以提高计算机的图象处理能力,GRAPE也可以提高计算牛顿引力的能力。其安装也类似于图形加速器,不需要更改计算机主体,只需额外插接硬件。编写计算程序时,只要在涉及引力的部分调用与GRAPE硬件相关的函数即可。

这种计算机研制的缘起是,对于大规模的N体模拟来说,在大型并行计算机上运行程序是很困难的,且绝大部分时间都要花费在引力计算上。粒子网格或Tree算法虽能节约时间,但编写程序的难度较高。专用机则为这一问题提供了另一条解决之路。

同时,通用计算机的速度虽然在不断提高,其可以用于计算的部分比例却在减小。加之不同类型的CPU也需要不同的程序代码,改写软件的工作量极大,这样一来,也就在相当程度上平衡了专用机设计复杂且开发困难的缺点。

东京大学的天体物理研究小组自1989年起开始了GRAPE项目。专用机的开发有两种途径,一是按特定的工作需要优化现有计算机,二是针对特定算法设计处理器。GRAPE属于第二种。它是用专门的流水线对数据流进行计算,每次循环可求出一次引力作用。此外,还可以增加流水线数目,以同时计算多个粒子的作用情况。当然,这里GRAPE的意思不是葡萄,是引力流水线(GRAvity PipelinE)的缩写。

1989年公布的GRAPE-1是该系列的第一代低精度机,每秒可进行2.4亿次浮点运算。次年,第一代高精度机GRAPE-2问世,速度为每秒4000万次浮点运算。之后单号是低精度机,双号是高精度机,当前已发展到GRAPE-6。

六代GRAPE的处理器集成电路板,上排为GRAPE-1(1989年)、3(1991年)、5(1998年),下排为GRAPE-2(1990年)、4(1995年)、6(2000年原型机)(图片提供:东京大学)

其实说到底,GRAPE进行计算所依照的方程非常简单,就是引力相互作用:

利用前三式分别可以求解加速度、加速度的导数和粒子势能。其中角标p代表预测值,ε是Plummer软化因子,如果不清楚其定义的话可以不用管它。GRAPE可以给出引力及一阶时间导数。一般来说,每计算一次粒子对的引力相互作用,需要进行38次浮点数操作;而每次计算时间导数则需要19次,因此每次计算引力一共需要57步操作。

接下来这段的内容与硬件有关,由于本人并非相关专业出身,只能依靠自己的理解来写,如果有错误,还望指教。对于GRAPE-6来说,每个处理器板上装有16枚处理器芯片。其中每枚芯片由6枚用于计算引力的流水线处理器(Pipeline Processor)和一枚用于预测并处理网络和内存接口的流水线处理器组成。预测处理器可以给出速度和位置的预测值并输入计算引力的流水线,结合前一时刻的确定值,每条流水线每次可以计算一对粒子的相互作用。GRAPE-6单个处理器芯片的速度是每秒301亿次浮点运算,这样就可以在1秒的时间内作5亿余次引力计算。个人看来,这里倒不妨把GRAPE按字面意义理解:处理器板上有多个处理器芯片,每个芯片又由多个流水线处理器组成,是不是有点类似葡萄藤上结出一串串小葡萄呢?

GRAPE的处理器结构示意(原图提供:东京大学)

GRAPE-6的亮相,16枚处理器芯片清晰可见。(图片提供:美国自然历史博物馆)

具体工作时,可以将通用主机、多个GRAPE处理器板、网卡和输入/输出端口组成集群,由主机完成引力之外的计算任务,下图即是一个例子,可见GRAPE与主机的连接方式。

图片提供:东京大学

利用GRAPE作出的重要研究成果包括:星系散射截面模拟(Makino and Hut 1997)、月球的撞击起源研究(Kokubo et al. 2000)、冷暗物质晕的结构(Fukushige and Makino 1997)、考虑单/双星演化的星团N体模拟(Zwart et al. 2001)等。此外,美国自然历史博物馆属下的海登天文馆还演示过GRAPE生成的天体演化动画,也算是GRAPE对公众科学教育的贡献吧。

GRAPE结出的几颗甜葡萄,左下:星团模拟;中:冷暗物质晕模拟;右上:月球起源模拟

如今GRAPE的使用者除却东京大学外,还有英国剑桥大学、德国马克斯—普朗克研究所、美国普林斯顿大学、耶鲁大学、亚利桑那大学、加州大学伯克利分校、法国马赛天文台等一流学府和研究机构。(PS:几年前听说系里有心买GRAPE,不知道现在是否已买到。GRAPE代理商——浜松株式会社的网站罗列的用户倒是包括南京大学,那看样子是买到了吧,不过本人对此也不确定,说错了也别来怪我……)

GRAPE的用户分布图(图片提供:东京大学)

GRAPE-6的下一代是GRAPE-DR,计划是2008年正式亮相,不过处理器已在去年年底公布。GRAPE-DR的结构已与前任大不相同。其每个处理器芯片的组成部分是1024个处理器而非多条流水线。除了天文学上的引力计算外,GRAPE-DR还可以进行基因组分析、图象匹配等工作,可以视作是通用计算机。

 

参考资料:

[1] GRAPE计划主页:http://www.astrogrape.org/
[2] GRAPE-DR:http://grape-dr.adm.s.u-tokyo.ac.jp/
[3] GRAPE-6文档:http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/softwares/GRAPE6/
[4] GRAPE用户手册:http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/softwares/GRAPE6/grape6user/grape6user.html
[5] Modified SIMD architecture suitable for single-chip implementation by Junichiro Makino:astro-ph/0509278
[6] Tflops simulation of black holes in a galactic center on GRAPE-6
[7] 探索虚拟宇宙

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