1.Virtual Box

1.1下载Virtual Box

虚拟机选择使用Virtual Box，百度搜索进入官网下载页面

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本机系统是windows，所以选择windows版本下载

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1.2安装Virtual Box

按照默认设置进行安装

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这里我修改了自己想要的安装路径，按照默认路径也未尝不可

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默认下一步，个人不太喜欢太多快捷方式，所以剔除了2、3项

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网络功能安装警告选是

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正式安装

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安装完成

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2.Centos7

2.1下载Centos7

百度搜索Centos，进入官网下载页面

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选择DVD ISO，这一版本资源会更全面，要安装带界面的Centos7推荐下载该版本

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选择aliyun的镜像，64位DVD版Centos7，除了下载速度不同，应该差别都不大

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2.2安装Centos7

2.2.1配置虚拟机

打开Virtual Box，新建虚拟机，名称自拟，文件夹位置按照默认的即可（取决于Virtual Box的安装路径）

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内存分配大一点使用起来会流畅很多，习惯2G

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虚拟硬盘的分配看自己需要

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这里建议空间可以多分配一些，16G或者20G都不为过，如果有打算长期使用的话

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创建完成后，进入设置--网络，默认网络地址转换（NAT）

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进入存储，找到下载好的Centos7的iso文件（我这里下载的1708版本比较早，所以和上面的1810不一致，但基本一样）

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完成后启动虚拟机，开始进行系统安装

2.2.2 安装配置系统

启动完成，选择第一个进行系统安装

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拉至底部选择中文

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进入安装位置选择自动配置分区，点击完成

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进入网络和主机名，打开网络连接

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要安装可视化界面，就要进入软件选择，选GNOME桌面

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然后开始安装

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设置ROOT密码

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密码太短连按两次完成一样可以通过
接下来等待安装完成即可

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重启，第一次进入系统还需要进行初试设置

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点击第一个完成同意许可

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我这里不创建新用户，直接以管理员root登录，所以点完成配置即可
然后会进入到用户配置，选择汉语

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输入法也按照默认

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继续按照默认前进

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时区这里我选择了香港，因为本身位于珠三角地区

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在线账号跳过

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关于您的信息按照自己的填写即可

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这个时候等于是间接给你开了一个新的用户，而不是管理员用户root

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然后开始进入到Centos系统中

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因为前面说到要用管理员身份进入系统，这里就切换一下用户

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点击注销，选择未列出

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管理员用户名为root，密码为安装系统时你设置的密码

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登录，管理员用户还要进行一次用户设置，设置完以后就不用了

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在管理员用户下，很多操作都会更加方便，不用另外申请权限

3.Relion

3.1下载Relion

网上关于Relion下载和安装的文章不多，Centos下的更是少，但其实我们只需要按照Relion官网给的教程来，再解决一些安装过程中遇上的小问题即可

首先我们在应用程序中打开火狐浏览器，百度搜索relion

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进入Relion的官网

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可以看到有关于下载和安装的教程

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Relion的资源文件在github上，我们可以通过git克隆到本地

src=UploadFiles/202112122541366.png
现在我们尝试一下到主文件夹的下载目录下进行操作

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打开终端，输入git命令，发现系统本身没有安装git

git clone https://github.com/3dem/relion.git

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我们需要先安装一下git

3.1.1下载安装git

操作很简单，在桌面打开终端，从yum安装git：

yum –y install git

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此时发现yum被锁，最简单粗暴的方法，就是强制关掉yum进程
首先Crtl+C结束指令，再输入：

rm -f /var/run/yum.pid

然后就可以用yum了

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3.1.2克隆Relion

git安装完成后，回到下载目录的终端，继续下载Relion

git clone https://github.com/3dem/relion.git

src=UploadFiles/202112122543461.png
src=UploadFiles/202112122543350.png
因为是刚刚下载下来的，也没有更新，所以不需要 git pull
到这里，Relion的资源文件已经下载到了本地的下载目录中，接下来可以进行安装（下载过程中可能因为网络问题无法下载，可以尝试重新下载）
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3.2配置cmake

按照安装教程，进入到relion的目录创建一个新的文件夹build，并在build目录终端运行cmake指令

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src=UploadFiles/202112122544681.png
发现没有找到cmake，需要安装

cmake ..

src=UploadFiles/202112122544469.png

3.2.1下载安装cmake

同样是到桌面终端，利用yum下载安装cmake

yum install cmake

src=UploadFiles/202112122544471.png
安装完成后，可以通过查看其版本确定是否安装好

cmake --version

src=UploadFiles/202112122545741.png
回到build目录下的终端，再次运行cmake，发现报错

src=UploadFiles/202112122545393.png
还是少安装了一些东西

3.2.2下载安装mpi，fftw和fltk

参考孙亚文的文章，在桌面终端安装mpi，fftw和fltk

src=UploadFiles/202112122545669.png

sudo yum install openmpi-devel fftw-devel fltk-devel

src=UploadFiles/202112122546286.png
安装完成后，再次回到build目录终端下运行cmake

src=UploadFiles/202112122546267.png
此时发现仍然有错误，但已经减少了很多
其中CUDA的问题涉及到显卡，但是虚拟机与主机不太一样，没有找到很好的解决办法，然后先跳过，解决下一个问题，也就是MPI_C的

3.2.3安装openmpi和g++

在前面的时候已经有下载mpi，但是报MPI_C的错，应该就是没有配置好的关系或者是mpi有问题，索性重新安装
在下载目录终端，下载oepnmpi

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.gz

src=UploadFiles/202112122546625.png
解压openmpi

tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz

解压完成后，安装openmpi
进入openmpi-3.1.0目录下终端

./configure

src=UploadFiles/202112122547172.png

make && make install

src=UploadFiles/202112122547512.png
到桌面的终端，先查看一下openmpi的位置

whereis openmpi

src=UploadFiles/202112122547915.png
找到位置后去修改配置文件

vim ~/.bash_profile

src=UploadFiles/202112122548335.png
按I键开始插入，移动到最后的位置回车，在下一行即文末添加路径

export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib

src=UploadFiles/202112122548806.png
按Esc后输入:wq保存修改

src=UploadFiles/202112122548441.png
使用source命令激活修改

source ~/.bash_profile

验证安装，进入到openmpi-3.1.0的目录下，找到examples并进入，终端运行：

make

src=UploadFiles/202112122548360.png

./hello_c

src=UploadFiles/202112122549927.png
然后回到桌面终端安装g++

yum install gcc-c++

3.2.4配置完成

完成前面的工作后，回到build目录，终端执行

cmake ..

src=UploadFiles/202112122549668.png
这下终于没有报错了，build目录下也出现了文件makefile，说明cmake配置完成

3.3安装Relion

cmake配置完成后，在build目录终端使用make为安装Relion设置进程数

make -j4

src=UploadFiles/202112122549664.png
到这里，Relion已经可以安装了，因为没有fltk，所以不能使用GUI，在cmake中省略GUI（如果不进行这一步直接安装将会报错，因为没有fltk）

cmake -DGUI=OFF ..

src=UploadFiles/202112122550485.png
然后安装

sudo make install

src=UploadFiles/202112122550188.png
到这里，Relion已经安装完成了，回到桌面终端可以测试一下

relion

src=UploadFiles/202112122550604.png

总结

Relion还有各种配置，在官方文档上可以了解的到。对于有专业需要的使用者来说，虚拟机上安装Relion可能有些时候会满足不了，因为Relion有GPU的加速能力，主机上使用可以配置更好的性能，但由于本人不是专业的，所以就止步于此了，希望能帮到各位。文中可能存在一些冗余操作，请大家谅解，有发现的可以在评论区留言，为后面的使用者提供便利，谢谢。

Centos7下安装Relion