震惊！新冠病毒有4个艾滋病毒片段，可能诞生于基因改造？
2020-02-06 07:38 好医生官方 标签:

在中国人民举国上下抗击新型冠状病毒肺炎疫情的时候，中国科学家在国际顶级期刊频频发表论文，引发社会争议。国外科学家也不甘落后，准备蹭一波热点。前天，印度理工学院科学家Bishwajit Kundu研究团队在著名生物预印网站bioRxiv在线发表了一篇文章，Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag，引起震惊和广泛关注。

研究人员称，他们在新冠病毒的S蛋白（刺突蛋白）中发现了4个插入片段，这4个片段是新冠病毒（2019-nCoV）所独有的，其他冠状病毒中没有这些插入片段。

然而，作者声称，所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。

一直蠢蠢欲动的阴谋论制造者们，似乎找到了证据，开始在网上传播各种阴谋论的故事。

之前网上还流传着知名军事专家谈论专门针对中国人的基因武器的视频，与这一论调不谋而合。
科学的事情必须用科学的态度来对待。先来看看印度人的这个研究靠谱吗？
1、论文摘要
当前我们正在目睹由2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）引起的大规模流行病疫情。2019-nCoV的发展趋势仍然不可预测。我们在2019-nCoV的刺突糖蛋白（S）中发现了4个插入片段，这是2019-nCoV所独有的，不存在于其他任何冠状病毒。

在2019-nCoV中发现4个独特的插入片段，这些插入片段都与HIV-1关键结构蛋白中的氨基酸残基具有同一性/相似性，这不太可能在自然界偶然发生。
这项工作提供了之前未知的关于2019-nCoV的新见解，并阐明了该病毒的进化和致病性，对诊断该病毒具有重要意义。
2、介绍
冠状病毒的刺突糖蛋白（S）被切割成两个亚基（S1和S2）。S1亚基有助于受体结合，而S2亚基促进膜融合（Bosch等，2003；Li，2016）。冠状病毒的突触糖蛋白是组织嗜性和宿主范围的重要决定因素。此外，刺突糖蛋白是疫苗开发的关键靶标（Du等人，2013）。因此，刺突蛋白代表了冠状病毒中研究最广泛的蛋白。因此，我们寻求使用计算工具研究2019-nCoV的刺突糖蛋白，以了解其进化，新特征序列和结构特征。
刺突就是病毒突破第一道防线细胞膜的“钥匙”，通过刺突与细胞膜的受体结合，骗过守卫才能进去细胞。
3、方法
我们从NCBI病毒基因组数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）中检索了所有可用的冠状病毒序列（n = 55），并使用了GISAID（Elbe＆Buckland-Merrett，2017）[https：//www.gisaid.org/]检索截至2020年1月27日的2019nCoV的所有可用全长序列（n = 28）。通过使用MUSCLE软件（Edgar，2004）和采用最近邻合并方法对所有冠状病毒基因组进行了多序列比对。在55个冠状病毒基因组中，使用MEGAX软件将所有类别的32个代表性基因组用于系统树发育（Kumar等人，2018）。发现最接近的亲属是SARS CoV。使用Multalin软件（Corpet，1988）对SARS CoV和2019-nCoV的糖蛋白区域进行比对和可视化。使用BLASTp和BLASTn将鉴定的氨基酸和核苷酸序列与整个病毒基因组数据库进行比对。通过使用MEGAX软件进行多序列比对，提出了2019-nCoV基因组的28个临床变体中核苷酸和氨基酸基序的保守性。使用SWISS-MODEL在线服务器（Biasini等，2014）生成2019-nCoV糖蛋白的三维结构，并使用PyMol对其进行标记和可视化（DeLano，2002）。

4、论文结论
首先，我们确定了2019-nCoV峰值糖蛋白中的4个独特插入片段，这些插入片段迄今为止尚未出现在其他冠状病毒中。
令我们惊讶的是，2019-nCoV中的所有4个插入片段都映射到NCBI数据库中所有带注释的病毒蛋白中HIV-1 gp120和Gag中氨基酸的短片段。2019-nCoV峰值蛋白中新插入片段与HIV-1 gp120和Gag的这种不可思议的相似性不太可能是偶然的。

此外，3D建模表明，在2019-nCoV刺突糖蛋白的一级蛋白质序列中不连续的独特插入物中至少有3个会聚在一起构成受体结合位点的关键成分。值得注意的是，所有4个插入片段的pI值均约为10，这可能有助于病毒与宿主的相互作用。

重点是这4个片段从来没有在其他冠状病毒中出现过，也不是什么新物种，而是来自于HIV-1病毒。
这种结构变化使得2019-nCoV导致感染的可能比SARS大大增加了。
作者说：这令人震惊，因为病毒不太可能在短时间内自然地获得这种独特的插入。

必须承认，印度科学家的这项工作提供了关于新冠病毒（2019-nCoV）的未知见解，并阐明了该病毒的进化和致病性，对诊断该病毒具有重要意义。
今日凌晨，哈佛大学公共卫生学院的卫生经济学家、流行病学家和营养科学家埃里克·费格丁博士（Dr. Eric Feigl-Ding）发推，对这篇论文深感震惊。
对于这一耸人听闻的研究结果，哈佛大学科学家、CRISPR基因大牛，刘如谦（David Liu）教授在推特称这一研究结果不靠谱，纯属阴谋论。

他说：
The mere claim that short inserts support nCoV origins unlikely to be fortuitous in nature is already highly suspect.（仅通过短插入片段就声称新冠病毒起源“不太可能是自然界偶然的”已经让人高度怀疑）
this is a classic case of searching for lost keys only under a lamppost.（这就是丢了钥匙却只在路灯下寻找的经典案例）
a fearful world does not need to fuel conspiracy theories with bad analyses.（这个世界已经足够可怕，我们不需要通过错误的分析来激起阴谋论）

故事到这里先告一段落了。这个关于新型冠状病毒可能诞生于人为的基因改造的暗示，你是相信呢？还是相信呢？还是相信呢？
不得不说，这次新冠病毒肺炎的灾难给中国造成了巨大的损失，几乎每个中国人都受到波及，但通过大量的科普宣传，国人的科学素养、文明程度有了很大提升。我们每个人都会带上口罩，我们知道与人相距1米说话，我们会更加顾及到别人，我们会给人转发最新的预防知识。我们也更清楚地认识什么是科学。
科学最重证据。前天全国抢购双黄连，是因为大家相信来自两家科研机构的研究和人民日报的转发，而紧跟着各家媒体的集体辟谣，又把这波抢购风压了下去，使得老百姓加深了对科学研究证据的重视。那些抢购了大量双黄连的朋友可能有苦说不出，慢慢喝或送人吧，也不算浪费。要知道，一个新药上市需要以10年为单位的周期，实验室研究和三期临床试验的证据。
回到印度人的这一研究，不急于彻底相信和全面否定，科学还注重验证，需要全世界更多科学家去验证这一研究结果。科学鼓励创新，提出新的观点，然后证明或证伪，这也是科学能不断前进的原始动力。从这一点来说，印度科学家的研究值得鼓励。包括中国在内的各国科学家正在紧锣密鼓地对这个新冠病毒进行研究，相信不久就会有更加深入的研究成果。
参考文献：
Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag
来源：医学论坛网

新冠病毒有4个艾滋片段？假的！造谣的印度论文正撤稿

近日，大家都在问下面这个信息是不是真的？真是造谣一张嘴，辟谣跑断腿。造谣只要臆想+博眼球即可，而辟谣是要有严谨的数据和逻辑支撑的。特别是要辟以科学论文为基础的谣言，那是要掉层皮的……

2）将4个肽段序列在NCBI进行比对，发现每段都能比对上多种物种，包括真菌，细菌，果蝇，线虫，疟原虫等。4个肽段比对结果的E value都很高（E value越高说明比对可靠性越差，一般小于0.00001 (10e-5)才认为可信），说明这些序列随机匹配的可能性非常高（图1）；

（NCBI比对前100结果统计）

图2：2019-nCoV spike protein与其它冠状病毒spike protein的进化树
通过比较氨基酸序列进一步发现，在这个同源的病毒中，能找到新型冠状病毒的4个肽段，其中肽段2和3完全一致，肽段1有1个氨基酸不一致，肽段4有5个氨基酸不一致（文章中在核酸水平进行了比较）。而2015年分离的Bat_SARS-like_CoV_ZXC21的第1个和第2个肽段与新型冠状病毒的4个肽段具有少量的相似性（第1个有3个氨基酸一样，第2个只有2个氨基酸不一样），剩余的其他病毒序列和这四个肽段差异性较大（图3）。所以，这4个片段并不是2019-nCoV单独特有。

图3：4个肽段在7个冠状病毒spike protein的序列比较
HIV都包含这4个肽段？也没有！what？
文章指出这4个肽段分别在HIV的envelope glycoprotein和gap protein具有同源序列。分析比较四个肽段序列和HIV的envelope glycoprotein（NCBI 414个蛋白序列）和gap protein（NCBI 396个蛋白序列）相似度发现：除了文章中提到的序列以外，绝大部分HIV的蛋白序列都不包含前3个肽段序列（见下表），而且这些序列处于HIV的高变区（图4）。第4个肽段总体还是比较保守，前面4个氨基酸能在另外15个HIV中找到，肽段PRR也能在多个HIV中找到，最后的氨基酸A在文章提到的序列中特异。但是该肽段在细菌噬菌体内能找到完全一样的序列（图4）。